實驗室裡的韓籍博士生Min-Sik Kim,是目前棒爸指導教授的戰馬,幫了最多的忙,所以為了慶祝他畢業,整個實驗室開拔到Ellicott City的韓國餐廳慶祝。
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2012年12月24日 星期一
2012年12月17日 星期一
雞肉卷,冰上曲棍球,咖啡
棒爸和馬里蘭大學巴爾地摩分校的Curt Civin教授有好幾個合作計畫,所以每個星期二中午,都會從霍普金斯醫學院,搭地鐵到查爾斯中心(Charles Center)站下車,再步行十分鐘到馬大實驗室;這段路程的起頭,在PNC銀行靠霍普金斯廣場(Hopkins Plaza)的這頭,有一家路邊攤,專賣雞肉卷(chicken gyro)和羊肉卷(lamb gyro),生意特別好,因為除了味道好,價格也非常合理,只需要3.99美金;現在老闆已經記得棒爸,因為每次他問棒爸要不要加辣,棒爸都會說60%,讓他會心一笑,因為如此一來,可以很清楚地掌握兩種醬料的比例。攤子最晚擺到晚上六點,去看金鶯隊打球,有機會路過的朋友,千萬不要錯過。
就在同一條街的另一頭,掛著一個路標,上面寫著『W. R. Grace Balt. Hockey Classic WAY』紀念W.R.Grace這家公司贊助巴爾地摩冰上曲棍球經典賽。
沿著西巴爾地摩街繼續走,在Howard街交叉口,有一家Dunkin Donut,店口就是輕軌電車站;Dunkin Donut的咖啡有一種特殊的醇味,很多人在網路上做各種猜測,但還是沒有結論。
就在同一條街的另一頭,掛著一個路標,上面寫著『W. R. Grace Balt. Hockey Classic WAY』紀念W.R.Grace這家公司贊助巴爾地摩冰上曲棍球經典賽。
沿著西巴爾地摩街繼續走,在Howard街交叉口,有一家Dunkin Donut,店口就是輕軌電車站;Dunkin Donut的咖啡有一種特殊的醇味,很多人在網路上做各種猜測,但還是沒有結論。
2012年11月19日 星期一
霍普金斯醫學院最好的咖啡店Hampton Cafe
還記得棒爸剛到霍普金斯的時候,早一年進博士班的何雅琦醫師,很熱心擔任嚮導,印象深刻的是,何醫師說很多人認為 Daily Grind 是霍普金斯醫學院最好的咖啡店。事隔三年,棒爸覺得,這個頭銜應該送給舊公衛學院Hampton大樓的Hampton Cafe。
霍普金斯醫院的地鐵
巴爾地摩的地鐵,只有一條路線,從巴爾地摩郡西北部的Owins Mill,來到巴爾地摩市的霍普金斯醫院,原本要往東北方的White Marsh蓋去,因為當地居民反對而作罷,理由是害怕地鐵把市區的高犯罪率帶到White Marsh,剛好和台灣大家都希望捷運通到自家附近的情況相反。圖中是霍普金斯醫院地鐵站的壁畫。
2012年10月2日 星期二
棒爸工具箱
自從棒媽和棒蘇菲暑假結束回台灣後,棒爸開始覺得非得把博士班趕快念完不可,雖然現在霍普金斯醫學院各博士班的修業年限,平均起來都超過六年,但棒爸可不能磨這麼久,現在已經四年級,再怎麼樣也得想辦法五年就畢業,除了格外努力之外,還得把做事效率再提高才行;所以,棒爸上臉書的次數愈來愈少,連這部落格也荒了好一陣子,除了把手頭的實驗計畫趕快鋪下去,同時,今天終於把第二篇第一作者的文章修改送回雜誌社,居然,老闆還催着在兩個禮拜內,要棒爸把第三篇第一作者的文章也投出去,也就是十月十四日,這個兩個禮拜的奇蹟,如果真的發生,棒爸一定會再上來棒棒人家族慶祝一下。
總之,為了提高生產力,經過了一個多月的琢磨,棒爸投資了一些錢,買了下面這些軟體,發現真的都是寶物,受用無窮,愈是使用,愈是喜歡;所以覺得應該上來 “吃好到相報”,讓同樣使用蘋果電腦的夥伴們 “聞香”,探索一下是否也需要它們。

棒爸有幾萬封電子郵件,和許多師長,以及合作者之間的信件,都很重要,除了必須妥善保存,還得能夠隨時叫出來參考。先前棒爸用的是蘋果電腦內建的 Mail 軟體,但隨著信件一多,發現 Mail 常常老牛拖車,速度很慢。經過比較幾個電子郵件軟體,包括 EudoraOSE, Thunderbird, Postbox, MailForge, Outlook等等,棒爸最喜歡 Mailmate (http://freron.com/) ,速度快,功能相當強大,可以自定快速鍵,智慧型文件夾和搜尋的功能接近完美,對於多重往來的信件,也就是那些兩三個人,甚至更多人之間的信件往來,MailMate創造了一個特殊的的檢視模式,叫做 Thread Arcs(就翻譯成『對話弧』吧),用過的人,很難不喜歡,還沒看過其他電子郵件軟體有這麼方便的功能;另一個檢視模式也是相當實用,叫做Correspondence,可以針對特定對象,找出他和你之間所有的信件清單,時間的顯示是『三天前,兩個月前,一年前…』。軟體的開發者對於使用者的支援,很快,棒爸問過兩個問題,都在一天內解決;目前開發者正在研發MailMate和命令列(command line)之間的整合,對於Unix熟稔的人,MailMate恐怕將來會不斷端出好菜。所以,棒爸目前把MailMate封為 電子郵件之V怪客 (請見電影『V怪客』)。
拜老闆所賜,棒爸目前手頭上超過六個合作案,昏天暗地,連棒蘇菲在美國的時候,都說要去跟棒爸的老闆抗議,害得棒爸老闆還買了一組彩色筆,收買棒蘇菲的心。總之,雖然棒爸不是當醫生,不像棒媽統攬全國性的業務,真要忙起來,也是常常容易左支右絀。直到,有人推薦OmniFocus (http://www.omnigroup.com/products/omnifocus/)給棒爸,對於個人工作與生活流程的安排,逐漸亂中有序,理出脈絡。最初,棒爸覺得OmniFocus似乎沒什麼了不起,好像不會比蘋果內建的行事曆高明,不過在試用過之後,棒爸逐漸體會OmniFocus的強大,譬如它甚至可以讓使用者自定模組式的流程,非常適合棒爸接合作案。所以,棒爸把OmniFocus封為行程管理之壹岐正(請見日劇『不毛地帶』)
這個美麗的海螺,名字叫做DEVONthink Pro Office ,它優雅的存在,為的是要超級優化檔案管理;以前覺得蘋果的Finder 已經算是很好用的系統,因為可以把檔案塗上各種顏色,在開啓檔案夾的時候,很快,甚至不需要看清楚名稱,都能正確無誤地開檔案。DEVONthink Pro Office 除了具備Finder的優點之外,對於把各種不同文件整合成一個健康的資料庫,手段巧妙細膩且才華洋溢,所以棒爸封DEVONthink Pro Office為檔案管理之尤達大師(請見電影『星際大戰』)。
棒爸工具箱裡的另一個寶貝,就是DEVONagent Pro。他的專長是網際網路搜尋,不過這裡指的,不是一般的搜尋;如果是要找電話,找地址和地圖,找人名,找特殊名詞定義,找產品,用Google就好了,而且恐怕Google還是比較快。但是,如果需要針對一個概念,一個物品,或是一個事件等等,想辦法發展出一套想法,並穿針引線,整合性地到碧落黃泉找影片,圖像,DEVONagent Pro可就幫大忙了,它可以組織出摘要,並讓使用者把搜尋方式模組化,而且和DEVONthink Pro Office完美接縫,棒爸把它封為網路搜尋之永遠的園丁(請見小說或電影『永遠的園丁』)
總之,為了提高生產力,經過了一個多月的琢磨,棒爸投資了一些錢,買了下面這些軟體,發現真的都是寶物,受用無窮,愈是使用,愈是喜歡;所以覺得應該上來 “吃好到相報”,讓同樣使用蘋果電腦的夥伴們 “聞香”,探索一下是否也需要它們。

棒爸有幾萬封電子郵件,和許多師長,以及合作者之間的信件,都很重要,除了必須妥善保存,還得能夠隨時叫出來參考。先前棒爸用的是蘋果電腦內建的 Mail 軟體,但隨著信件一多,發現 Mail 常常老牛拖車,速度很慢。經過比較幾個電子郵件軟體,包括 EudoraOSE, Thunderbird, Postbox, MailForge, Outlook等等,棒爸最喜歡 Mailmate (http://freron.com/) ,速度快,功能相當強大,可以自定快速鍵,智慧型文件夾和搜尋的功能接近完美,對於多重往來的信件,也就是那些兩三個人,甚至更多人之間的信件往來,MailMate創造了一個特殊的的檢視模式,叫做 Thread Arcs(就翻譯成『對話弧』吧),用過的人,很難不喜歡,還沒看過其他電子郵件軟體有這麼方便的功能;另一個檢視模式也是相當實用,叫做Correspondence,可以針對特定對象,找出他和你之間所有的信件清單,時間的顯示是『三天前,兩個月前,一年前…』。軟體的開發者對於使用者的支援,很快,棒爸問過兩個問題,都在一天內解決;目前開發者正在研發MailMate和命令列(command line)之間的整合,對於Unix熟稔的人,MailMate恐怕將來會不斷端出好菜。所以,棒爸目前把MailMate封為 電子郵件之V怪客 (請見電影『V怪客』)。
拜老闆所賜,棒爸目前手頭上超過六個合作案,昏天暗地,連棒蘇菲在美國的時候,都說要去跟棒爸的老闆抗議,害得棒爸老闆還買了一組彩色筆,收買棒蘇菲的心。總之,雖然棒爸不是當醫生,不像棒媽統攬全國性的業務,真要忙起來,也是常常容易左支右絀。直到,有人推薦OmniFocus (http://www.omnigroup.com/products/omnifocus/)給棒爸,對於個人工作與生活流程的安排,逐漸亂中有序,理出脈絡。最初,棒爸覺得OmniFocus似乎沒什麼了不起,好像不會比蘋果內建的行事曆高明,不過在試用過之後,棒爸逐漸體會OmniFocus的強大,譬如它甚至可以讓使用者自定模組式的流程,非常適合棒爸接合作案。所以,棒爸把OmniFocus封為行程管理之壹岐正(請見日劇『不毛地帶』)
這個美麗的海螺,名字叫做DEVONthink Pro Office ,它優雅的存在,為的是要超級優化檔案管理;以前覺得蘋果的Finder 已經算是很好用的系統,因為可以把檔案塗上各種顏色,在開啓檔案夾的時候,很快,甚至不需要看清楚名稱,都能正確無誤地開檔案。DEVONthink Pro Office 除了具備Finder的優點之外,對於把各種不同文件整合成一個健康的資料庫,手段巧妙細膩且才華洋溢,所以棒爸封DEVONthink Pro Office為檔案管理之尤達大師(請見電影『星際大戰』)。
棒爸工具箱裡的另一個寶貝,就是DEVONagent Pro。他的專長是網際網路搜尋,不過這裡指的,不是一般的搜尋;如果是要找電話,找地址和地圖,找人名,找特殊名詞定義,找產品,用Google就好了,而且恐怕Google還是比較快。但是,如果需要針對一個概念,一個物品,或是一個事件等等,想辦法發展出一套想法,並穿針引線,整合性地到碧落黃泉找影片,圖像,DEVONagent Pro可就幫大忙了,它可以組織出摘要,並讓使用者把搜尋方式模組化,而且和DEVONthink Pro Office完美接縫,棒爸把它封為網路搜尋之永遠的園丁(請見小說或電影『永遠的園丁』)
2012年8月11日 星期六
在Akhilesh家歡送鍾俊
棒爸指導教授Akhilesh的新居落成了一年,終於藉著歡送鍾俊博士的機會,門戶大開,邀請大家去吃晚餐,這間位於Ellicott City新透天厝,說大不大,但很別緻。
棒蘇菲和Akhilesh的兩個女孩玩在一起,捨不得回家。
棒媽和棒爸在Akhilesh老婆Anity的畫作前合影。
棒蘇菲和Akhilesh的兩個女孩玩在一起,捨不得回家。
棒媽和棒爸在Akhilesh老婆Anity的畫作前合影。
2012年8月4日 星期六
夢想如何起飛
想想若是沒有猛烈的燃燒,偌大的熱氣球如何升空?
棒爸雖然停筆了一個多月,沒來寫棒棒人家族,但生活的緊湊程度,卻是一年來最忙的一陣子。棒蘇菲回到巴爾地摩,花了一個星期調好時差,就開始參加夏令營,一個月來,去了兩所學校,都是第一天就進入狀況,玩得很開心,棒爸很欣慰;棒媽因為必須接送棒蘇菲上下學,趕鴨子上架,把開車技巧在兩天內練好,棒爸更是感到很驕傲。至於棒爸自己的學校生活,也不是三兩下就能打發掉的事,實際上,不論是兵馬倥傯的實驗操作,或是嘔心瀝血的論文寫作,都考驗著抗壓性;好在,一切都逐漸上軌道,熱氣球就要升空了。
2012年6月11日 星期一
找誰當典範?
有時候,棒爸還是隻慢吞吞的老牛,由『老闆』在後面鞭策着。
老闆這裡講的『典範』,就是『偶像』,『學習模仿的對象』。他這轟天一問,倒是讓棒爸回頭想了好幾回,是啊,心中已經好久沒有真正設定一個『學習模仿的對象』了。小學在球隊,中學在讀書,一直都有學長在前面作典範;上了大學,突然進入破除偶像迷思(iconoclasticism)的年代,覺得自己的路,和人不同,別人的經歷和時空背景也都不同,何來學習與模仿;現在想想,其實可以用另一個層次看『典範』,簡單地講,除了可以把『典範』當做是私淑老師之外,何嘗不能當做精神上的諮詢對象?棒爸讀博士班以來,從吸收到的資訊和知識,或是談過話相處過的人之中,的確找到幾個人,對他們特別拜服,值得當做學習模仿的對象,接下來的幾篇文章,棒爸會把這些關於研究專業上的『偶像』,分享給大家,並說說何以如此。
2012年4月30日 星期一
白色巨塔裡面和外面的奇蹟
星期天的晚上,需要一首歌陪伴,剛好有這首白色巨塔主題曲『你是我唯一的執著』,由林俊逸唱來很好聽,他是以前五燈獎裡面那位戴著眼鏡,五度五關的小朋友,唱得讓棒爸想起穿著白袍的日子和種種,聽起來,很有感覺。穿白袍的七年時間,目睹過奇蹟,幾度連棒爸自己都無法相信,那些經驗,叫人低頭謙遜。
記得當第二年內科住院醫師的三月,守著3A2加護病房,有位60歲左右的男病人,因為糞石卡在小腸,醫師嘗試用內視鏡取出,但因為卡得太緊,拉不出來,只好緊急請外科開刀取出,可能是因為腸內菌竄進血液,發生敗血性休克,後來兵敗如山倒,呼吸衰竭,插管接呼吸器,心肌梗塞,不能做心導管,也不能給抗血栓藥,腎衰竭,作二十四小時連續性血液透析(洗腎),意識不清,單眼偏斜,原來是中腦發生梗塞中風;每個照顧的醫師,都不看好,這樣連串的併發症,算起來死亡率遠遠超過百分之五十,連主治醫師都不看好……接下來發生的事情,就像是奇蹟,心臟,肺臟,腎臟,大腦的功能,逐項恢復,病人身上的導管,一條接一條,慢慢拔除,意識醒轉,後來走出醫院,英風颯爽地回到門診回診。
在金門署立醫院當主治醫師,也親眼看過另一次的奇蹟。一位將近五十歲的男病人,因為腦膜瘤,在台北開刀,但因術中大出血,變成昏迷指數四分(最低是三分)的植物人,除了眼睛偶而因為刺激而張開,後來做了氣管切開,依靠呼吸器維生,在術後一個月,發生敗血性休克,台北醫生判斷有生命危險,為了落葉歸根,家屬要求搭直升機回金門;當天棒爸值班,責無旁貸,把病人先收進加護病房,後來病人逐漸穩定,轉到普通病房,但又因為尿管的反覆感染,發生過敗血性休克,進出過加護病房;試了幾次脫離呼吸器,完全沒有反應,只能長期接著呼吸器,昏迷指數卡在四到五分,早已超過半年,期間請神經科醫師和胸腔科的醫師評估過,都說:『植物人,就這個樣子了』。金門地方小,許多旁人認識這病人,都說他原本是個沙文主義的丈夫,而妻子個子矮小,是個非常非常純樸的鄉下人,在丈夫變成植物人後,含辛茹苦,除了繼續照顧小孩,每天搭公車來醫院,照顧丈夫。但就在病人成為植物人,大約八個月後的一天下午,棒爸坐在護理站裡寫病歷,病人妻子急急忙忙地跑來對棒爸說:『阮尢聽有了!阮尢聽有了!』,棒爸一派狐疑,三步作兩步,到病床邊,問這位被大家判定為植物人的病人一連串問題,發現他居然都可以用眼光的方向回答無誤,這才發現,這植物人,醒了,真的醒了,一樣,接下來發生的事情,就像是奇蹟,呼吸器拔除,尿管拔除,氣管內管拔除,講話,和棒爸開玩笑,起身走路,只剩下每天一顆高血壓藥,出院回家,而且,經過妻子後來在門診表示,他不再是個大男人,變了一個人。
現在穿白袍,只為了作實驗,沒有醫病的互動,分秒必爭不再是為了和病人身上的病魔拔河,而是訓練自己如何設計實驗,如何減少實驗誤差,如何用各種角度解讀數據,最重要的是,如何培養創造力解決問題。棒爸認識幾位從台灣來巴爾地摩的醫生,對於實驗室工作,每個人的感受不同,有的人比較喜歡臨床工作,不是念完博士班就回台灣,繼續在台灣的醫療體制內接續先前所具備的臨床技能;另一群人,就是想辦法在美國考執照,當住院醫師,繼續奮鬥。當然,也有一些人,選擇不回臨床,找不碰病人的研究工作,之後進到生技公司,藥廠,或是找教職。這些各種不同的工作,每一項都不容易,在台灣,在美國都是,唯有全心投入,方能生存。離開臨床將近三年,是有點不太想回臨床了,因為覺得每天的臨床工作,都在集中精神思考,怎麼做才符合臨床標準,才不會犯錯,才不會被告,當醫生,在專業上的『創造力』,是被緊緊看住的,至於該做什麼,臨床標準規範(guideline)都幫你想好了,最重要的,就是不要和標準規範不同,不要犯錯,不要犯錯,不要犯錯。試問,全世界有百分之幾的醫生,真的發揮『創造力』在做他每天的臨床工作,那些設計臨床試驗的醫生,或許真的操持着他的創造力,但百分之一不到。對一個接受過專科醫師訓練的人來說,不做臨床工作,可以說是一種浪費或奢侈,但棒爸不這麼覺得,醉心科學研究的理由可以很冠冕堂皇,但在這裡就先省下來不講了,只是光作實驗和研究,而要置身於白色巨塔之外,要在台灣或美國開花結果,需要的,可就是另外一種奇蹟了。
記得當第二年內科住院醫師的三月,守著3A2加護病房,有位60歲左右的男病人,因為糞石卡在小腸,醫師嘗試用內視鏡取出,但因為卡得太緊,拉不出來,只好緊急請外科開刀取出,可能是因為腸內菌竄進血液,發生敗血性休克,後來兵敗如山倒,呼吸衰竭,插管接呼吸器,心肌梗塞,不能做心導管,也不能給抗血栓藥,腎衰竭,作二十四小時連續性血液透析(洗腎),意識不清,單眼偏斜,原來是中腦發生梗塞中風;每個照顧的醫師,都不看好,這樣連串的併發症,算起來死亡率遠遠超過百分之五十,連主治醫師都不看好……接下來發生的事情,就像是奇蹟,心臟,肺臟,腎臟,大腦的功能,逐項恢復,病人身上的導管,一條接一條,慢慢拔除,意識醒轉,後來走出醫院,英風颯爽地回到門診回診。
在金門署立醫院當主治醫師,也親眼看過另一次的奇蹟。一位將近五十歲的男病人,因為腦膜瘤,在台北開刀,但因術中大出血,變成昏迷指數四分(最低是三分)的植物人,除了眼睛偶而因為刺激而張開,後來做了氣管切開,依靠呼吸器維生,在術後一個月,發生敗血性休克,台北醫生判斷有生命危險,為了落葉歸根,家屬要求搭直升機回金門;當天棒爸值班,責無旁貸,把病人先收進加護病房,後來病人逐漸穩定,轉到普通病房,但又因為尿管的反覆感染,發生過敗血性休克,進出過加護病房;試了幾次脫離呼吸器,完全沒有反應,只能長期接著呼吸器,昏迷指數卡在四到五分,早已超過半年,期間請神經科醫師和胸腔科的醫師評估過,都說:『植物人,就這個樣子了』。金門地方小,許多旁人認識這病人,都說他原本是個沙文主義的丈夫,而妻子個子矮小,是個非常非常純樸的鄉下人,在丈夫變成植物人後,含辛茹苦,除了繼續照顧小孩,每天搭公車來醫院,照顧丈夫。但就在病人成為植物人,大約八個月後的一天下午,棒爸坐在護理站裡寫病歷,病人妻子急急忙忙地跑來對棒爸說:『阮尢聽有了!阮尢聽有了!』,棒爸一派狐疑,三步作兩步,到病床邊,問這位被大家判定為植物人的病人一連串問題,發現他居然都可以用眼光的方向回答無誤,這才發現,這植物人,醒了,真的醒了,一樣,接下來發生的事情,就像是奇蹟,呼吸器拔除,尿管拔除,氣管內管拔除,講話,和棒爸開玩笑,起身走路,只剩下每天一顆高血壓藥,出院回家,而且,經過妻子後來在門診表示,他不再是個大男人,變了一個人。
現在穿白袍,只為了作實驗,沒有醫病的互動,分秒必爭不再是為了和病人身上的病魔拔河,而是訓練自己如何設計實驗,如何減少實驗誤差,如何用各種角度解讀數據,最重要的是,如何培養創造力解決問題。棒爸認識幾位從台灣來巴爾地摩的醫生,對於實驗室工作,每個人的感受不同,有的人比較喜歡臨床工作,不是念完博士班就回台灣,繼續在台灣的醫療體制內接續先前所具備的臨床技能;另一群人,就是想辦法在美國考執照,當住院醫師,繼續奮鬥。當然,也有一些人,選擇不回臨床,找不碰病人的研究工作,之後進到生技公司,藥廠,或是找教職。這些各種不同的工作,每一項都不容易,在台灣,在美國都是,唯有全心投入,方能生存。離開臨床將近三年,是有點不太想回臨床了,因為覺得每天的臨床工作,都在集中精神思考,怎麼做才符合臨床標準,才不會犯錯,才不會被告,當醫生,在專業上的『創造力』,是被緊緊看住的,至於該做什麼,臨床標準規範(guideline)都幫你想好了,最重要的,就是不要和標準規範不同,不要犯錯,不要犯錯,不要犯錯。試問,全世界有百分之幾的醫生,真的發揮『創造力』在做他每天的臨床工作,那些設計臨床試驗的醫生,或許真的操持着他的創造力,但百分之一不到。對一個接受過專科醫師訓練的人來說,不做臨床工作,可以說是一種浪費或奢侈,但棒爸不這麼覺得,醉心科學研究的理由可以很冠冕堂皇,但在這裡就先省下來不講了,只是光作實驗和研究,而要置身於白色巨塔之外,要在台灣或美國開花結果,需要的,可就是另外一種奇蹟了。
2012年3月5日 星期一
送給這對寶貝母女_聰明的Python和愚蠢的奧林匹亞

至於學業上,可就愈來愈有趣了。棒爸決定對系統生物學(systems biology)多下點功夫,因為現今美國研究經費的縮減嚴重,就連許多傳統研究領域的大頭,都受到這波險峻經濟的影響,大家都在喊沒錢,反倒是系統生物學的發展日漸蓬勃,經費有增無減,再加上這個領域目前肯做能做的人相對較少,主要是因為有能力處理大量數據資料的人才缺乏,動輒需要電腦程式設計和模型模擬,這已經讓許多成天拿試管加試劑的生物學家望之卻步,而電腦程式設計師對於生物醫學卻也陌生,所以棒爸決定再度遵循藍海策略,往這方面發展,那天,系統醫學(systems medicine)的時代一定會來臨。棒爸前天和老闆聊天,都認為十年到二十年後,很難想像醫生開立的檢查當中,沒有全基因體定序(whole genome sequencing)這個項目,不論是腫瘤診斷治療,遺傳疾病,代謝疾病或是感染症的診斷,恐怕都會用到大量基因定序或是其他高通量(high throughput)的技術,至於非臨床的生物醫學,對於這類技術的仰賴,可就更不用說了,以往每次只專注於一個基因,一個蛋白質的研究,會逐漸式微,因為大家都知道,生物體的運作,很複雜,只看一個項目,下的結論往往會有偏差,所以系統生物學一定會逐漸融入各個研究領域。
棒爸去年的必修課原本就有兩個學期的生物統計,以及R程式語言的入門,加上上學期選修了一門進階的R語言,棒爸覺得還能上手,雖說R是易學難精,但因為最近兩個星期,棒爸幾乎天天到Luigi的辦公室報到,覺得似乎有漸入佳境;Luigi原本是羅馬的醫生,拿了博士學位後,短暫待過日本的RIKEN研究院,後來落腳霍普金斯專門從事R和基因體醫學的研究工作,現在正和棒爸合作,把另一篇論文給催生出來。但光是會R,絕對不夠。
剛好這個時候,Python語言走進來。Python和Perl最大的不同,就是它比較像人類能懂的語言,不需太多繁複的符號設定,簡潔有力又有彈性。先前棒爸已經從 Practical Computing for Biologists 這本經典的入門書中得到一些概念,剛好遇到棒爸實驗室來了新的研究生Chris(圖二看鏡頭的人),從高中時代就自學Python,現在實驗室老闆進行大量數據運算,都靠Chris的Python和C語言在馳騁,可以說是台柱了,現在棒爸學Python和Linux有他帶,有問題可以找他問,幫助很大,而每個星期五下午和Chris到TGIF同樂會去喝罐啤酒,可以算是對這位小師父的致敬了,每個禮拜就那一瓶,應該不算酗酒。最後送上一段有趣的影片,算是就是Python這個程式語言的來源。很多人不解,Python是『大蟒蛇』的意思,和電腦程式有什麼關係?原來Python語言的創始者,相當喜歡早期英國國家廣播公司BBC的一個鬧劇 Monty Python(圖三是其中一集,愚蠢的奧林匹亞),他想要發揚該鬧劇的精神,創造一個輕鬆又有彈性的語言,所以就用了Python這個字,事實上該鬧劇取名用Monty和Python也是很無厘頭的,大家看看笑笑就好。
2011年12月25日 星期日
棒蘇菲的畫_耶誕節前的論文委員會

巴爾地摩的土產啤酒
2011年11月16日 星期三
棒蘇菲的畫_細胞融合
2011年11月9日 星期三
Dana Farber 一日出差
那所謂的醫學院校區,正式名稱是 Longwood 校區,其實涵蓋了醫學院,牙醫學院,公衛學院,學生宿舍,醫學圖書館,Brigham and Woman醫院,Dana Farber 癌症中心,Beth Israel醫院,兒童醫院等等,是個 PhD 和 MD 高度密集的地方。兩年前,棒爸去的時候,正逢歐巴馬總統就職當天,是一月底的大寒天,馬路兩旁還堆滿了雪,走道上到處可見用來降低冰點的粗鹽粒;這回去,正值深秋,雖然樹葉還沒掉光,但波士頓的空氣吸起來,卻已經愈來愈像打開冰箱聞到的味道了。
Akhilesh的實驗室有許多合作夥伴,其中之一是Dana Farber癌症中心的Weinstock實驗室,這次為了進行技術交換,老闆派鐘俊博士和棒爸前往出差,當天來回,早上搭六點五十分的班機前往波城,晚上八點十分的班機返回巴城;整趟行程最大的感觸就是,待在霍普金斯的大家,真的很幸福,環境很優渥,實在要把握,因為,就像同時待過哈佛和麻省理工的老闆所說的,那兩個地方,是紅海一片,聰明的人多,努力的人更多,再加上學術界的大頭多,競爭激烈,那怕實驗室小,設備舊,基於很多理由,學術生產力還是嚇嚇叫。
回到霍普金斯,反倒覺得整個環境的基調,比較鬆散,而且很多研究環境也相對優渥,就拿老鼠房的設置為例,Dana Farber 的Weinstock實驗室因為經費和空間,必須把老鼠房的工作外包,也就是說,不是隨時隨地都可以去看老鼠,對於實驗的人來說,其實很多時候是很不方便的,相較之下,棒爸實驗室的老鼠房,就在同棟樓的地下室,24小時皆可刷卡出入,這樣能說不方便嗎?至於工作士氣,棒爸的實驗室,往往是百老匯研究大樓五樓裡,最熱烈的一家,但若要和棒爸在 Dana Farber 癌症中心所看到的比起來,恐怕還差一截。當然了,霍普金斯有自己的強項,但聰明的人,應該要把握這些強項,創造更多強項。這兩年,棒爸走了兩趟哈佛醫學院,觀察的出發點不同,得到的感想也不同,感謝老闆提供的這個機會教育,讓棒爸回到霍普金斯來,好好再繼續努力。
2011年10月30日 星期日
老闆的電子郵件王國 和 棒爸的電子郵件小村莊
Akhilesh在霍普金斯醫學院經營一個十來人的實驗室,同時也是印度班加洛爾(Bangalore)醫學資訊學研究所的主持人,事情很多,不過他沒有秘書,更絕的是,他沒有手機,怎麼可能沒有手機,沒錯,就是沒有手機,棒爸偶而在實驗室會接到師母找Akhilesh的電話,Akhilesh也說,他不想讓手機毀了他的生活,所以,他和這個世界聯絡的方式,除了他辦公室裡的電話,就是他桌上型電腦裡的電子郵件系統。
Akhilesh雖然相當推崇賈伯斯(就棒爸的觀察,他的行事風格,像極賈伯斯),不過賈伯斯最大的失敗,就是沒讓Akhilesh喜歡上蘋果電腦。所以,Akhilesh用的是微軟的Windows系統,而他用的電子郵件系統,是 Eudora 7。
說到Eudora,還真是個傳奇的軟體,自從一九九〇年代被開發出來之後,Eudora一直就深受許多重度電子郵件使用者的喜愛,雖然發展Eudora的Qualcomm公司從2008年左右,就宣佈停止Eudora的開發,把Eudora的名字和部分功能,搬到Mozilla的Thunderbird上去,改弦易撤,叫做Eudora OSE,但事實上,從此之後,Eudora就再也不是Eudora了。縱然傳統Eudora有多麼強大,但一來棒爸沒在用,二來網路上已有很多介紹的文章,在此棒爸就不野人獻曝,而是把重點放在Akhilesh怎麼操使著他的Eudora王國。
Akhilesh的電子郵件檔案,存有超過十年的信件,他可以隨時把十幾年來任何一封電子郵件,用Eudora很強的搜尋功能找出來。有一次,棒爸談到需要某個貴重儀器,Akhilesh突然想到他在五年前結識的某位教授,就是從事該方面的研究,於是拖著棒爸到他辦公室,氣定神閒坐下來,從他那電腦桌面上,開了至少超過二十個信箱的Eudora當中,叫出搜尋功能,鍵入該教授的名字,不出半分鐘,他便找出多年前的電子郵件,從當年彼此往來對話停住的地方,再重啓對話,就像辜汪會談停了幾年後,江陳會談又繼續從原來的地方接下去一樣,交代數句之後,再導入要借儀器的主題。上個月,為了幫棒爸找好朋友 Civin 教授寫推薦函,Akhilesh還是一樣,Eudora搜尋功能叫出來,找出這兩年來和 Civin 教授所有的往來信件,再讀一遍,他說,關心朋友最直接的方式,就是隨時可以把彼此當年相處的時空背景還原回來,他靠的就是傳統版的Eudora。
另外,Akhilesh每個週末,通常是週日晚上,都會把他整個星期的電子郵件回顧一遍,為什麼棒爸知道,因為棒爸已經有好幾次,在週末收到Akhilesh的來信,把一些週一到週五他無暇處理消化,卻又必須處理的事務,轉知給棒爸或實驗室其他人。
第三,Akhilesh又特別講究什麼時候應該用副本(C.C.),什麼時候要用密件副本(B.C.C.),為了統治他的實驗室和遠在印度的研究所,關於電子郵件,Akhilesh最常強調的是,記得CC給他,大事小事都一樣,萬一有什麼事情發生,他常說,為什麼沒有CC給他(事實上,可能有CC給他);這可能是他的飛行員性格吧,儀表板上大大小小的指標都非得掌握不可,而Eudora的功能,正好符合他這方面的需求。可惜的是,蘋果電腦自從OS 10.7 Lion問世之後,再也不支援傳統Eudora的使用,許多Eudora迷索性不升級到10.7,不然就是揮淚投向其他軟體。
雖然傳統的Eudora那麼強大,讓Akhilesh操持起來,虎虎生風,不過,棒爸也不甘示弱。棒爸從使用OS 10.5 Leopard的時候開始,就習慣用蘋果自己的電子郵件軟體 Mail,搭配上另外三個外掛的小軟體 MailSteward,MailTags,和Mail Act-On,倒也覺得得心應手。其中,Mailsteward主要是負責幫Mail進行歸檔備份的工作,搜尋的功能,可以做到比Gmail還細膩,另一方面,MailSteward也可以讓使用者自行編寫SQL語言,讓使用者可以自行編寫相當客制化的指令,這應該是Gmail,Thunderbird,和Outlook望塵莫及的。至於 MailTags,讓使用者對每封信加標籤,附上對應的顏色,還可以在每封信上做筆記,記下重要事項,同時和也和行事曆 iCal 整合得不錯,不過這些功能Gmail,Thunderbird,和Outlook應該都還做得到。至於 Mail Act-On 也有很巧妙的設計,利用和MailTags之間的搭配,它可以讓使用者對郵件作動態設定,例如,看到有一封來信很重要,在一定時間內得回,可是卻還沒想到該怎麼回,所以無法存到『草稿』區,只要使用者幫這來信標上『待回』的標籤(標籤名字自取),就可以先把信件存放在另一個自訂的P信箱中,等到有時間,再直接到P信箱中,開信回,這樣的功能在信件一多的時候,就很實用,重要的信不會被淹沒在收件匣中;另一個很實用的功能是,寫了信給對方,而且要追蹤對方是否有回信的時候,可以利用Mail Act-On 作動態設定,把這封對方還沒回的信,自動存在另一個自訂的Q信箱中,而不是籠統地被淹沒在寄件匣中,隨時就可以很輕鬆的知道,有那些信是還在等待對方的回音,一旦對方回信,因為設定的關係,這封當初由使用者寄出的信,就會自動離開Q信箱,歸檔回到寄件匣裡去。同樣地,當信件量不大或是使用者時間太多的時候,這些功能都可有可無,但信件量一多,或是使用者時間寶貴的時候,這些功能就是寶貝。
當初因為棒爸不夠小心,Gmail裡2009年之前所有的信,通通都丟掉了,現在棒爸希望透過Mail,MailTags,Mail Act-On,以及MailSteward,希望可以讓現在經營的電子郵件小村莊,不斷茁壯,有朝一日,讓Akhilesh自豪不已的Eudora王國,刮目相看。
2011年10月25日 星期二
論文委員會誕生

找論文委員會的教授,也是有許多不同的點要考慮。首先,考慮這些教授,是否能對博士生提供實質的幫助,不論是對於實驗的設計與方向,或是實驗所需的材料,最好都能有所支援;再者,必須找那些『找得到人』的老師,常常名牌教授很難找出時間參加論文會議。當然了,因為論文委員會的老師,往往都是日後幫忙寫推薦函的人,所以能夠找到對日後發展,生涯規劃上可以幫得上忙的人,也是一個絕對要考慮的因素。
基於這些考量,棒爸把這些第一志願的名單給Akhilesh看後,出乎意料,Akhilesh照單全收。下一步就是寫信詢問這些老師的意願。像這種寫信給合作者,或是寫給其他論文委員會同儕的信,Akhilesh的習慣就是,他先要學生把自己當作是他,擬個草稿,再把學生找來,坐在他旁邊,一起來改草稿,順便解說信該怎麼寫,和合作者通信,心裡應該怎麼設想對方的意見,然後,再很得意的秀一下,他怎麼經營自己的電子郵件系統,看過的人,往往會瞠目結舌(這是實驗室裡很多人的感想,不過不是這篇文章的重點,擇日再談)。就在這個星期日晚上,棒爸把草稿寫好,再和Akhilesh進他辦公室,改了四十分鐘,分送出去後,Cheng 和 Matsui 都在不到十分鐘的時間內,回信答應,Karp則是在隔天星期一早上,回信同意。至此,算是把組織論文委員會的工作完成,就等十二月底前召開第一次論文會議了。
2011年10月19日 星期三
期末考週的霍普金斯總圖
總圖入口的設計,有點像羅浮宮的玻璃金字塔入口,走進去之後,整個動線是往下和兩側延伸,那椅子上婦人塑像的背後(圖二),不知道有什麼故事,棒爸未曾去瞭解,是等人,沈思,或是發呆。牆上的四個時鐘,走著四個分校時區的時間。循著兩側樓梯走下,清楚的可以看到,入口上方那四面代表著目前大學部在學四屆學生的旗子(圖三)。刷卡進入門口中庭,就是一尊名為 “奉獻(Devotion)”的母子雕像(圖四),由William Zorach這位二十世紀早期,移民自立陶宛的雕塑家所作,含義多重,人各有釋。依棒爸看來,除了明顯叫人想起母親的恩愛之外,也可以解釋為,要所有在這裡向學的人,苦心經營自己的學業,用心的程度,最好可以向媽媽照顧小孩一般。棒爸對這個圖書館還沒很熟,挑了個可以看到窗外的位子,坐了幾個小時,離開的時候,對於很多電腦程式語言的細節,還是無法完全掌握,但隔著兩扇玻璃門,望著Gilman館的鐘塔(圖五),腦子裡出現德布西前奏曲裡 “沈沒的教堂“,突然間領悟到,要怎麼才能從這狀似鐵達尼沈沒的期末考中,存活...
2011年10月2日 星期日
2011年9月28日 星期三
巴爾地摩瑰寶_喬治琵琶第圖書館

過去的這個週末,在巴爾地摩市的文化咽喉,維農山(Mount Vernon),舉行戶外書展,主辦單位之一的喬治琵琶第圖書館,也破例在假日對外開放,身為圖書館迷,棒爸沒錯過這個機會,在巴爾地摩住了兩年多後,總算造訪這美麗的圖書館。
有別於五年前,棒爸和棒媽在維也納皇家圖書館,見識到那揉和富麗宮廷和文藝復興的風格,這喬治琵琶第圖書館雖然也是採用率直開闔的方正格局,但室內裝潢上,巴洛克的風格更加鮮明,藉由隨處可見奇情瑰麗的裝飾,增添造訪者對於書架上,隨處可見的十九世紀古書的幻想空間,對於閱讀情趣自有影響。
棒爸來的時後,正逢有古典吉他的現場演奏,跳盪的西班牙風樂音,一路就從演奏者的指間飄開,擴散流轉到書架上每一本蒙著薄塵的古典精裝書,這美妙的一切,不禁讓棒爸聯想到,五年前讀到西班牙作家薩豐寫的『風之影』,那股很容易讓圖書館迷悠然失神的浪漫情懷;只是這喬治琵琶第圖書館,可以說是光輝版的風之影,閒逛其中,令人精神颯爽。
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