總網頁瀏覽量

2012年3月5日 星期一

送給這對寶貝母女_聰明的Python和愚蠢的奧林匹亞

日光節約時間又開始了,現在巴爾地摩和台灣的時差,又回到恰好十二小時。棒爸最近生活中有好幾件事情在打轉,首先是開始找五月搬出Reed Hall之後要住的地方,霍普金斯醫學院的老宿舍打算清空所有房客,新宿舍新歸新,好歸好,又方便,但房租一下子要調漲個兩三百塊,所以棒爸打算到醫學校區之外的地方找找,目前相準的幾個地方,像是Homewood,Fell's point,以及Federal Hill,都在考慮當中,因為還必須兼顧到棒媽和棒蘇菲暑假來的時候,棒蘇菲可以去學校,棒媽可以接觸些文化活動,最好棒爸可以不用開車上學,搭校車或是巴爾地摩市政府的免費公車(circulator),所以需要費點心思,不過應該難不倒棒爸。
至於學業上,可就愈來愈有趣了。棒爸決定對系統生物學(systems biology)多下點功夫,因為現今美國研究經費的縮減嚴重,就連許多傳統研究領域的大頭,都受到這波險峻經濟的影響,大家都在喊沒錢,反倒是系統生物學的發展日漸蓬勃,經費有增無減,再加上這個領域目前肯做能做的人相對較少,主要是因為有能力處理大量數據資料的人才缺乏,動輒需要電腦程式設計和模型模擬,這已經讓許多成天拿試管加試劑的生物學家望之卻步,而電腦程式設計師對於生物醫學卻也陌生,所以棒爸決定再度遵循藍海策略,往這方面發展,那天,系統醫學(systems medicine)的時代一定會來臨。棒爸前天和老闆聊天,都認為十年到二十年後,很難想像醫生開立的檢查當中,沒有全基因體定序(whole genome sequencing)這個項目,不論是腫瘤診斷治療,遺傳疾病,代謝疾病或是感染症的診斷,恐怕都會用到大量基因定序或是其他高通量(high throughput)的技術,至於非臨床的生物醫學,對於這類技術的仰賴,可就更不用說了,以往每次只專注於一個基因,一個蛋白質的研究,會逐漸式微,因為大家都知道,生物體的運作,很複雜,只看一個項目,下的結論往往會有偏差,所以系統生物學一定會逐漸融入各個研究領域。
棒爸去年的必修課原本就有兩個學期的生物統計,以及R程式語言的入門,加上上學期選修了一門進階的R語言,棒爸覺得還能上手,雖說R是易學難精,但因為最近兩個星期,棒爸幾乎天天到Luigi的辦公室報到,覺得似乎有漸入佳境;Luigi原本是羅馬的醫生,拿了博士學位後,短暫待過日本的RIKEN研究院,後來落腳霍普金斯專門從事R和基因體醫學的研究工作,現在正和棒爸合作,把另一篇論文給催生出來。但光是會R,絕對不夠。
剛好這個時候,Python語言走進來。Python和Perl最大的不同,就是它比較像人類能懂的語言,不需太多繁複的符號設定,簡潔有力又有彈性。先前棒爸已經從 Practical Computing for Biologists 這本經典的入門書中得到一些概念,剛好遇到棒爸實驗室來了新的研究生Chris(圖二看鏡頭的人),從高中時代就自學Python,現在實驗室老闆進行大量數據運算,都靠Chris的Python和C語言在馳騁,可以說是台柱了,現在棒爸學Python和Linux有他帶,有問題可以找他問,幫助很大,而每個星期五下午和Chris到TGIF同樂會去喝罐啤酒,可以算是對這位小師父的致敬了,每個禮拜就那一瓶,應該不算酗酒。最後送上一段有趣的影片,算是就是Python這個程式語言的來源。很多人不解,Python是『大蟒蛇』的意思,和電腦程式有什麼關係?原來Python語言的創始者,相當喜歡早期英國國家廣播公司BBC的一個鬧劇 Monty Python(圖三是其中一集,愚蠢的奧林匹亞),他想要發揚該鬧劇的精神,創造一個輕鬆又有彈性的語言,所以就用了Python這個字,事實上該鬧劇取名用Monty和Python也是很無厘頭的,大家看看笑笑就好。




沒有留言:

張貼留言